Σύφωνα με το ισχύον Π.Δ. 104/2014 (ΦΕΚ 171/Α/28-8-2014) "Οργανισμός Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού", όπως τροποποιήθηκε με το άρθρο 31 του Ν. 4305/2014 (ΦΕΚ 237/Α/31-10-2014) και ισχύει, το Τμήμα Αρχαιολογικών Μουσείων και Συλλογών υπάγεται στη Διεύθυνση Μουσείων. Το Τμήμα Αρχαιολογικών Μουσείων και Συλλογών είναι αρμόδιο για:
α) Την επεξεργασία και παρακολούθηση θεμάτων ίδρυσης, οργάνωσης, λειτουργίας και επέκτασης των Δημόσιων και Ιδιωτικών Αρχαιολογικών Μουσείων και Συλλογών, καθώς και την υποστήριξη του έργου της καταγραφής, αποθήκευσης, έκθεσης και επανέκθεσης αρχαίων, που φυλάσσονται σε αυτά.
β) Την επιστημονική εποπτεία των Εκκλησιαστικών Μουσείων, σε συνεργασία με τις συναρμόδιες Υπηρεσίες της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς.
γ) Την ανταλλαγή αρχαίων, όπου, μεταξύ άλλων, νοείται η αγορά, η δωρέα και ο μακροχρόνιος δανεισμός πολιτιστικών αγαθών δυνάμει των σχετικών άρθρων του ν. 3028/2002.
δ) Την αναγνώριση Αρχαιολογικών Μουσείων και την τήρηση Μητρώου αναγνωρισμένων Αρχαιολογικών Μουσείων.
ε) Την εκπόνηση, σύνταξη ή επεξεργασία μουσειολογικών − μουσειογραφικών μελετών για Μουσεία αρμοδιότητάς του.
στ) Την έγκριση χορήγησης αμοιβής σε ιδιώτες για παράδοση ή υπόδειξη κινητών ή ακίνητων μνημείων στο Δημόσιο.
ζ) Τη διαμόρφωση και επικαιροποίηση της πολιτικής για την επιβολή και το ύψος των τελών εισόδου σε αρχαιολογικούς χώρους και μουσεία και ελεύθερης επίσκεψης στους αρχαιολογικούς χώρους και μουσεία.
η) Τη διαμόρφωση και επικαιροποίηση της πολιτικής για την επιβολή και το ύψος των τελών φωτογράφισης, κινηματογράφησης και εν γένει απεικόνισης αρχαίων, χρήσης εικόνων και κειμένων σε έντυπες ή ηλεκτρονικές εκδόσεις και μέσα, με εμπορικό ή μη σκοπό.
θ) Την έγκριση διάθεσης εκδόσεων και άλλων πωλητέων ειδών στα πωλητήρια των αρχαιολογικών χώρων και μουσείων της χώρας.
ι) Τον καθορισμό του ωραρίου λειτουργίας μουσείων, χώρων και μνημείων του Κράτους.
ια) Την έγκριση μεταφοράς κινητών αρχαίων για μη εκθεσιακούς σκοπούς.
ιβ) Τη χορήγηση αδειών ξενάγησης χωρίς αμοιβή.
ιγ) Την έγκριση κατασκευής, παραγωγής, διάθεσης και εξαγωγής απομιμημάτων αρχαίων, σε συνεργασία με τις λοιπές συναρμόδιες μονάδες του ΥΠ.ΠΟ.Α.
Στο πλαίσιο αυτό το Τμήμα είναι αρμόδιο για την υποστήριξη των έργων εκθέσεων και επανεκθέσεων αρχαιολογικών μουσείων και συλλογών, που πραγματοποιούνται από τις Περιφερειακές, τις Ειδικές Περιφερειακές Υπηρεσίες και τα Δημόσια Μουσεία της ΓΔΑΠΚ, την προώθηση και επίσπευση των σχετικών διοικητικών διαδικασιών, την παρακολούθηση συγχρηματοδοτούμενων έργων μουσείων έως την οριστική παραλαβή τους, την παρακολούθηση των προγραμματικών συμβάσεων του ΥΠΠΟΑ με φορείς της Τοπικής Αυτοδιοίκησης ή άλλους συμβαλλόμενους για θέματα αρμοδιότητάς του, την παραχώρηση προσωρινής χρήσης χώρων αρχαιολογικών μουσείων, αιθρίων και αύλειων χώρων αυτών για την πραγματοποίηση καλλιτεχνικών και λοιπών πολιτιστικών εκδηλώσεων και τη χορήγηση σχετικών αδειών.
Επίσης, το Τμήμα αναλαμβάνει το συντονισμό σε εθνικό επίπεδο των εκδηλώσεων που προγραμματίζονται σε αρχαιολογικούς χώρους, μνημεία και μουσεία, στο πλαίσιο του εορτασμού των Ευρωπαϊκών Ημερών Πολιτιστικής Κληρονομιάς, ενώ έχει συναρμοδιότητα την εφαρμογή της Σύμβασης της Χάγης και των πρωτοκόλλων της για την προστασία των πολιτιστικών αγαθών σε περίπτωση ένοπλης σύρραξης.