Κατά τη διαπλάτυνση της εθνικής οδού Αθηνών-Λαμίας στο ύψος του σημερινού Ακραιφνίου, που πραγματοποιήθηκαν από την ΕΥΔΕ-ΠΑΘΕ με χρηματοδότηση από το Β΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης, διενεργήθηκαν από τη Θ' Εφορεία σωστικές ανασκαφές διάρκειας τεσσάρων περίπου ετών (Νοέμβριος 1994-Αύγουστος 1998). Τα ευρήματα αποδεικνύουν τη συνεχιζόμενη χρήση του χώρου από την ύστερη γεωμετρική εποχή έως τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους.
Οικοδομικά κατάλοιπα οικισμού της μέσης βυζαντινής περιόδου ερευνήθηκαν επίσης από τη Θ΄ ΕΠΚΑ, με ενημέρωση της συναρμόδιας 1ης ΕΒΑ, για λόγους επιτάχυνσης των εργασιών κατασκευής της οδού.
Οι ανασκαφές αποκάλυψαν εκτεταμένο τμήμα του αρχαίου παραλίμνιου νεκροταφείου της Ακραιφίας, που είχε προσανατολισμό Β-Ν και εκτεινόταν εγκάρσια προς τον εθνικό δρόμο. Ήλθαν στο φως 698 τάφοι (499 ενταφιασμοί και 199 ταφικές πυρές), όλων των γνωστών τύπων (λακκοειδείς -απλοί ή με αναβαθμούς κατά μήκος των μακρών πλευρών- κεραμοσκεπείς, κιβωτιόσχημοι, εγχυτρισμοί, ταφές σε λάρνακες, ταφές σε αβαθή ορύγματα καλυμμένα με λιθοσωρό).
Οι τάφοι καλύπτουν έναν χρονικό ορίζοντα από τους ύστερους γεωμετρικούς χρόνους έως τους πρώτους αυτοκρατορικούς αιώνες. Η πλειονότητά τους χρονολογείται από τον 6ο έως τον 3ο-2ο αι. π.Χ.
Η ανεύρεση δύο ισχυρότατων καμπύλων τοίχων, κτισμένων σε δύο μέτωπα από μεγάλους ακατέργαστους ογκολίθους και εσωτερικό γέμισμα από αμμοχάλικο, που διερευνήθηκαν σε συνεχή πορεία μήκους 30 μ., αποδεικνύει τη μέριμνα των κατοίκων για την προστασία της χρήσιμης προς καλλιέργεια γης από τις συνεχείς πλημμύρες της λίμνης τότε Κωπαΐδας.
Διαπιστώθηκαν δύο φάσεις κατασκευής, η παλαιότερη ανήκει στην ελληνιστική εποχή και η νεότερη, που αποτελεί μερική επισκευή, στους βυζαντινούς χρόνους.
Εκτός από το νεκροταφείο αποκαλύφθηκαν στο χώρο διάνοιξης της νέας γέφυρας του Ακραιφνίου οικοδομικά κατάλοιπα ύστερων γεωμετρικών χρόνων, που ανήκουν πιθανότατα σε ιερό που καταστράφηκε από πυρκαγιά.
Στην ίδια θέση ήλθαν στο φως τελετουργικές πυρές με πλήθος ειδωλίων, κυρίως όρθιων πολοφόρων και ένθρονων γυναικείων μορφών, που σχετίζονται με τη συνεχιζόμενη λατρεία στην περιοχή, η οποία καλύπτει το διάστημα από την ύστερη αρχαϊκή έως την ώριμη κλασική περίοδο.
Σε λάκκο-αποθέτη βρέθηκε πήλινη προτομή της θεάς Αθηνάς και πήλινα ομοιώματα χεριών, που επιτρέπουν την απόδοση της λατρείας στη συγκεκριμένη θεά. Οικοδομικά κατάλοιπα των όψιμων κλασικών χώρων αποδίδονται πιθανότατα σε εργαστήρια ή ιερούς χώρους στον τόπο της λατρείας. Η ζωή του ιερού διήρκεσε ως τους πρώιμους ελληνιστικούς χρόνους.
Σημαντική ήταν επίσης η αποκάλυψη στη βόρεια πλευρά της οδού ταφικού κτιρίου-Ηρώου ρωμαϊκών χρόνων με τάφους-θήκες που περιείχαν πολλαπλές ταφές.
Η αποκάλυψή του επιβεβαίωσε την πρώιμη εμφάνιση ηρωολατρείας στη Βοιωτία και επαλήθευσε τις επιγραφικές μαρτυρίες, που κάνουν λόγο για ηρώα στην περιοχή. Αρκετά μέτρα ανατολικότερα ήλθε στο φως κλίβανος ορθογώνιας κάτοψης με δίδυμο θάλαμο θέρμανσης και στόμιο πυροδότησης στη δυτική πλευρά, που στεγάζονταν με τοξοστοιχίες.
Η εσχάρα είχε καταστραφεί, ενώ ο θόλος του θαλάμου όπτησης βρέθηκε σε μάζες πηλού εξωτερικά του κλιβάνου. Πλησίον αυτού ανασκάφηκε χώρος προετοιμασίας του πηλού. Η όπτηση πλίνθων σε αυτόν δεν μπορεί να αποκλεισθεί.
Χρονολογείται στους ρωμαϊκούς χρόνους.
Αγρέπαυλη (villa rustica) οκτώ δωματίων με επιμελημένο δάπεδο (opus pseudospicatum) που διέθετε και ελαιοπιεστήριο, και εκτεταμένα οικοδομικά κατάλοιπα, που αποδίδονται σε εργαστήρια, υστερορωμαϊκών χρόνων, αποτελούν αποδείξεις της νέας ακμής της Ακραιφίας αυτή την εποχή.
Πλησίον του κόμβου εισόδου προς το σημερινό χωριό Ακραίφνιο αποκαλύφθηκε κτιριακό συγκρότημα που διασώζει ένδεκα τοίχους, και αποσπασματικά κατάλοιπα κάποιων άλλων, που ανήκουν στη μέση βυζαντινή περίοδο.
