Μια από τις βασικές δραστηριότητες του οργανισμού είναι τα εκπαιδευτικά προγράμματα που φέρουν τον γενικό τίτλο "ΟΙ ΔΡΟΜΟΙ ΤΗΣ ΘΑΛΑΣΣΑΣ", τα οποία βοηθούν στη δημιουργική και άμεση προσέγγιση του μαθητικού κοινού με τα εκθέματα μέσα από τα οποία αφομοιώνουν τα ιστορικά γεγονότα, ενώ παράλληλα μυούνται στη μεθοδολογία της ιστορικής επιστήμης. Τα παιδιά έρχονται σε επαφή με τη θάλασσα, τη ναυτική κληρονομιά και ιστορία και ανακαλύπτουν δημιουργικά τους δικούς τους δρόμους της θάλασσας. Τα εκπαιδευτικά προγράμματα αυτά απευθύνονται σε παιδιά ηλικίας 5-16 ετών.
Οι στόχοι των προγραμμάτων αυτών είναι να έρθουν σε επαφή οι συμμετέχοντες με τη ναυτική παράδοση και ιστορία, να μελετήσουν τη δημιουργία, ανάπτυξη και εξέλιξη της ελληνικής ναυτιλίας σε συνάρτηση με τις κοινωνικές, οικονομικές και τεχνολογικές παραμέτρους της κάθε εποχής. Επίσης, καλούνται να παρατηρήσουν, να ερευνήσουν, να συγκρίνουν τα εκθέματα του μουσείου και μέσα από αυτά να διατυπώσουν υποθέσεις, να κατανοήσουν και να ερμηνεύσουν τις ναυτικές δραστηριότητες των ανθρώπων από την αρχαιότητα ως τις μέρες μας. Επίσης, να γνωρίσουν τον τρόπο κατασκευής και τις λειτουργίες των πλοίων και των ναυτικών οργάνων, την εξέλιξή τους, καθώς και τον τρόπο ζωής των ναυτικών και τα ταξίδια τους, να εκφραστούν και να ανακαλύψουν με τρόπο δημιουργικό τους δρόμους της θάλασσας και, επίσης, να συνειδητοποιήσουν τη σημασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος και την ανάγκη προστασίας του για την ισορροπία του οικολογικού συστήματος.
Τέλος, ιδιαίτερη βαρύτητα δίνεται ώστε τα παιδιά από παθητικοί θεατές να μετατρέπονται σε ενεργούς επισκέπτες καλλιεργώντας τη φαντασία τους, αναπτύσσοντας τα αισθητικά τους κριτήρια και έτσι το μουσείο μετατρέπεται από ψυχρό εκθεσιακό χώρο σε πεδίο δράσης και αναψυχής, έχοντας κοινούς στόχους με αυτούς των σχολείων: τη δημιουργία υπεύθυνων πολιτών και ολοκληρωμένων ατόμων.