Η παλιά πόλη του Ρεθύμνου διατηρεί σε μεγάλο βαθμό τον πολεοδομικό της ιστό, όπως αυτός διαμορφώθηκε κατά τη διάρκεια της βενετοκρατίας, με τις μεταβολές που επέφερε η τουρκική κατάκτηση και η συνεχής κατοίκηση έως τις μέρες μας. Έχει κηρυχθεί ιστορικό διατηρητέο μνημείο και παραδοσιακός οικισμός. Η Προγραμματική Σύμβαση για την παλιά πόλη του Ρεθύμνου υλοποίηθηκε με σκοπό την εκπόνηση και την εφαρμογή ενός ολοκληρωμένου προγράμματος το οποίο αποβλέπει στην εξειδικευμένη αντιμετώπιση των θεμάτων της παλιάς πόλης και τον ορθό προσανατολισμό της μελλοντικής εξέλιξής της. Το πρόγραμμα αυτό έχει ως στόχους τη διάσωση της ιστορικής κληρονομιάς όλων των ιστορικών περιόδων της παλιάς πόλης, την ανάδειξη και την προβολή του πολιτιστικού της χαρακτήρα, την τουριστική της ανάπτυξη, την αναβάθμιση της ποιότητας ζωής των κατοίκων της και την ορθή ανάπτυξη των κοινωνικοοικονομικών δραστηριοτήτων. Με τη σύμβαση αυτή προβλέπεται η ανάπτυξη ενός συνόλου δραστηριοτήτων και έργων, το οποίο θα καλύπτει όλα τα αντικείμενα που συνιστούν τη φυσιογνωμία της πόλης και είναι συνδεδεμένα με την ιστορία και την πολιτιστική και αρχιτεκτονική της παράδοσης.
Η Προγραμματική Σύμβαση για την παλιά πόλη του Ρεθύμνου υπεγράφει το 1995 μεταξύ του ΥΠ.ΠΟ., του του ΥΠ.ΠΕ.ΧΩ.ΔΕ., του ΕΟΤ, της Περιφέρειας Κρήτης, της Νομαρχίας Ρεθύμνου, του Δήμου Ρεθύμνου και του ΤΑΠΑ. Έχει 20ετή διάρκεια η οποία μπορεί να παραταθεί με τη σύμφωνη γνώμη των συμβαλλόμενων μερών. Τα γραφεία της στεγάζονται στην οδό Μελισσηνού στην παλιά πόλη, σε κτίριο που έχει παραχωρηθεί από το Υπουργείο Πολιτισμού. Στο γραφείο απασχολούνται αρχαιολόγος, αρχιτέκτονας, εργοδηγός και διαθέτει γραμματειακή υποστήριξη. Το γραφείο Προγραμματικής Σύμβασης συλλέγει, ταξινομεί και επεξεργάζεται στοιχεία σχετικά με την παλιά πόλη του Ρεθύμνου και την ιστορική της κληρονομιά με σκοπό τη μεθοδική και εφαρμοσμένη έρευνα για την ιστορική της πορεία και την ορθή της εξέλιξη. Συντάσει μελέτες έργων αποκατάστασης και ανάπλασης μεμονωμένων κτιρίων, συνόλων και κοινόχρηστων χώρων της πόλης, καθώς και μελετών που βοηθούν στην τουριστική ανάπτυξη της πόλης και της ευρύτερης περιοχής που συνδέονται άμεσα με τη λειτουργία και την ανάδειξή της. Παράλληλα τεκμηριώνει την υπάρχουσα την υπάρχουσα κατάσταση της παλιάς πόλης με τοπογραφικές, αρχιτεκτονικές, φωτογραφικές αποτυπώσεις. Το Γραφείο συμμετέχει και διοργανώνει συνέδρια και σεμινάρια τοπικού, εθνικού και διεθνούς επιπέδου, σε συνεργασία με ανάλογα προγράμματα σε όλη την Ευρώπη.
