Σύφωνα με το ισχύον Π.Δ. 104/2014 (ΦΕΚ 171/Α/28-8-2014) "Οργανισμός Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού"
οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Μουσείων είναι:
α) Η εναρμόνιση του έργου και των δραστηριοτήτων των Περιφερειακών και Ειδικών Περιφερειακών Υπηρεσιών της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς για θέματα, που αφορούν στην ίδρυση, λειτουργία των Αρχαιολογικών Μουσείων, καθώς και στη φύλαξη και προστασία των ευρισκομένων σε αυτά πολιτιστικών αγαθών.
β) Η προώθηση σύγχρονων μουσειολογικών και μουσειογραφικών αντιλήψεων και η πρακτική εφαρμογή τους.
γ) Ο συντονισμός της επικοινωνιακής πολιτικής ώστε να επιτευχθεί η αύξηση της επισκεψιμότητας των Μουσείων και η συμμετοχή των πολιτών σε πολιτιστικά δρώμενα.
Η Διεύθυνση Μουσείων έχοντας στην εποπτεία της το σύνολο των αρχαιολογικών μουσείων και συλλογών, δημόσιων και μη, της χώρας, στοχεύει στο σχεδιασμό και την εφαρμογή μιας εθνικής μουσειακής πολιτικής, με σαφείς άξονες και στρατηγικές, που θα διέπει την ίδρυση και την εν γένει λειτουργία τους. Στις αρμοδιότητές της εμπίπτουν θέματα που άπτονται της τεκμηρίωσης, προστασίας, φύλαξης και διαχείρισης των συλλογών των μουσείων, καθώς και ζητήματα που σχετίζονται με τον κοινωνικό και παιδευτικό ρόλο των τελευταίων (εκθέσεις-επανεκθέσεις αρχαιοτήτων σε αυτά, παραγωγή έντυπου ή ηλεκτρονικού υλικού, δραστηριότητες και εκδηλώσεις, άλλες παρεχόμενες υπηρεσίες, π.χ. πωλητήρια, αναψυκτήρια κ.λπ.). Η εποπτεία των μη δημόσιων αρχαιολογικών μουσείων, συμπεριλαμβανομένων των εκκλησιαστικών συλλογών, η διοργάνωση περιοδικών εκθέσεων ή η συμμετοχή σ’ αυτές, μέσω δανεισμού αρχαίων, ο σχεδιασμός εκπαιδευτικών προγραμμάτων και δράσεων, αλλά και η ασφάλεια των μουσείων και αρχαιολογικών χώρων αποτελούν σημαντικές πτυχές του έργου της Διεύθυνσης.