Η Εφορεία Αρχαιοτήτων Ρεθύμνου είναι Περιφερειακή Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού υπαγόμενη στη Γενική Διεύθυνση Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς. Εδρεύει στο Ρέθυμνο και στη χωρική αρμοδιότητά της περιλαμβάνεται η Περιφερειακή Ενότητα Ρεθύμνου.
Το νομικό καθεστώς λειτουργίας της Υπηρεσίας είναι:
- Το Π.Δ. 77/2023 (ΦΕΚ 130/Α/27-6-2023), «Σύσταση Υπουργείου και μετονομασία Υπουργείων – Σύσταση, κατάργηση και μετονομασία Γενικών και Ειδικών Γραμματειών – Μεταφορά αρμοδιοτήτων, υπηρεσιακών μονάδων, θέσεων προσωπικού και εποπτευόμενων φορέων».
- Tο Π.Δ. 4/2018 (ΦΕΚ.7/τ.Α΄/22-01-2018) για τον «Οργανισμό Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού», όπως τροποποιήθηκε με το Π.Δ. 32 (Φ.Ε.Κ. 91/τ.Α'/09-05-2022),
- Την υπ' αριθ. πρωτ. ΥΠΠΟΑ/ΓΡΥΠ/136505/3066 (ΦΕΚ 912/Β΄/17-03-2020) «Μεταβίβαση αρμοδιοτήτων των Προϊσταμένων Γενικών Διευθύνσεων προς τους Προϊσταμένους των Περιφερειακών και Ειδικών Περιφερειακών Υπηρεσιών αρμοδιότητας της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς και στους Προϊσταμένους των Περιφερειακών Υπηρεσιών αρμοδιότητας της Γενικής Διεύθυνσης Αναστήλωσης, Μουσείων και Τεχνικών Έργων του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού,
- Ο ν. 4858/2021 (ΦΕΚ 220/τ.Α΄/19-11-2021) «Κύρωση Κώδικα νομοθεσίας για την προστασία των Αρχαιοτήτων και εν γένει της Πολιτιστικής Κληρονομιάς».
Βασικός στόχος της Υπηρεσίας είναι η προστασία, προβολή και ανάδειξη των κινητών και ακίνητων μνημείων της Π.Ε. Ρεθύμνου που χρονολογούνται από τους προϊστορικούς χρόνους έως και το 1830. Μεταξύ αυτών περιλαμβάνονται σημαντικοί αρχαιολογικοί χώροι και μνημεία, όπως το υστερομινωικό νεκροταφείο των Αρμένων, το ιερό κορυφής του Βρύσινα, οι μινωικές εγκατάστασεις στο Μοναστηράκι και στο Αποδούλου, η Σύβριτος, η Ζώμινθος, το Ιδαίον Άντρον (το οποίο υπάγεται στην αρμοδιότητα της Εφορείας Παλιοναθρωπολογίας και Σπηλαιολογίας), η Αξός, η Ελεύθερνα και η Λάππα (Αργυρούπολη). Στον έλεγχο της Υπηρεσίας υπάγονται επίσης οι Μονές Αρκαδίου και Πρέβελη, πλήθος ναών, η παλιά πόλη του Ρεθύμνου με το φρούριο της Φορτέτζας, καθώς και πέντε οικισμοί (Αργυρούπολη, Αρχοντική, Μαρουλάς, Χρωμοναστήρι και Επισκοπή Μυλοποτάμου), οι οποίοι έχουν χαρακτηριστεί ως ιστορικά διατηρητέα μνημεία. Κινητά ευρήματα όλων των περιόδων εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της πόλης.
Στις αρμοδιότητες της Εφορείας εντάσσονται οι δραστηριότητες που σχετίζονται με την προστασία και την ανάδειξη των κινητών και ακίνητων μνημείων και των αρχαιολογικών χώρων: διενέργεια σωστικών και συστηματικών ανασκαφών· οριοθέτηση αρχαιολογικών χώρων· αποτύπωση και αναστήλωση μνημείων· εργασίες συντήρησης σε κινητά και ακίνητα μνημεία και αρχαιολογικούς χώρους· έρευνα, μελέτη και δημοσίευση αρχαιολογικών ευρημάτων· διαχείριση του Αρχαιολογικού Μουσείου Ρεθύμνου και εποπτεία των εκκλησιαστικών συλλογών και μουσείων που υπάγονται στη χωρική αρμοδιότητα της Υπηρεσίας· διενέργεια εκπαιδευτικών προγραμμάτων για διαφορετικές ηλικιακές και πληθυσμιακές ομάδες· διοργάνωση συνεδρίων· συμμετοχή και εποπτεία σε ερευνητικά προγράμματα και ανασκαφικές έρευνες ελληνικών και ξένων επιστημονικών ιδρυμάτων.
Παράλληλα, η Εφορεία εξυπηρετεί τα αιτήματα των πολιτών που άπτονται θεμάτων προστασίας της πολιτιστικής κληρονομιάς: έλεγχος εργασιών σε περιοχές αρχαιολογικού ενδιαφέροντος· έλεγχος των μελετών και επίβλεψη των εργασιών εκτέλεσης μεγάλων δημόσιων έργων, καθώς και έργων των φορέων Τοπικής Αυτοδιοίκησης και των ΔΕΚΟ· χορήγηση αδειών μελέτης, φωτογράφισης, κινηματογράφησης· χορήγηση αδειών κατοχής, εισαγωγής και εξαγωγής αρχαιοτήτων· χορήγηση αδειών ελευθέρας εισόδου σε μνημεία, μουσεία και αρχαιολογικούς χώρους της Ελλάδας.
Οι ανωτέρω αρμοδιότητες ασκούνται σε συνεργασία με την Κεντρική υπηρεσία του ΥΠΠΟ και κατά περίπτωση ύστερα από γνωμοδότηση του Τοπικού Συμβουλίου Μνημείων Κρήτης ή του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, σύμφωνα με όσα καθορίζονται από τον Οργανισμό λειτουργίας του Υπουργείου και τον Αρχαιολογικό Νόμο.